质谱分析是一种测量离子荷质比（电荷-质量比）的分析方法。第一台质谱仪是英国科学家弗朗西斯·阿斯顿于1919年制成的。阿斯顿用这台装置发现了多种元素同位素

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使用多个酶酶解样本，经液相分离，高分辨串联质谱检测，并有配套的专业分析软件，序列覆盖率可达到100%

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主要应用:1、生物大分子的分子量精确测定2、蛋白质的肽质量指纹图谱检测3、已知蛋白质的高通量检测鉴定4、未知蛋白的部分或全序列分析5、蛋白质/多肽的二硫键定位分析

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复杂体系中的多肽、蛋白质混合物的分析与鉴定，有机染料、多糖、聚合物等大分子化合物的分子量快速测定。

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3. 蛋白质组学中的质谱技术——肽序列标签技术（PST）:由于PMF鉴定结果的可靠性受诸多因素影响，使得部分鉴定结果往往不是十分明确，特异性不高。多肽氨基酸序列匹配被认为是特异性最好的鉴定方法。在蛋白质组学研究中，利用质谱测序一般采用两种方式：一种是利用串联质

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